Metal Gear Survive è ambientato qualche tempo dopo dopo gli eventi di Metal Gear Solid V: Ground Zeroes. Dopo aver attraversato un wormhole ci si ritrova in un terrificante universo alternativo, caratterizzato dalla presenza di creature e ambienti ostili. Per sopravvivere in questo luogo inospitale, i soldati che un tempo abitavano la Mother Base devono collaborare per rimanere in vita.